在小福蛋和悠木高超的医治手段下，阿柏怪最终还是醒了过来，向小福蛋求饶道歉了。
小福蛋气鼓鼓的原谅了阿柏怪，悠木虽然不知道其中发生了什么，但是对着小福蛋和阿柏怪之间的故事开始产生好奇。
但悠木并没有当场发问，毕竟小福蛋和阿柏怪以后就是自己的同伴了，这个瓜可以以后慢慢吃，不急于这么一时。
等到阿柏怪可以自主移动的时候，悠木也是拿出两个宝可梦球，正式向它们发起了邀请。
“接下来一起去旅行吗？小福蛋和阿柏怪。”
小福蛋举起自己的小粉手，阿柏怪移动自己紫尾巴，两只宝可梦点击到悠木手中宝可梦球的开关。
宝可梦球打开，小福蛋和阿柏怪化作红光进入到宝可梦球其中，两只宝可梦在摇了三下后，咚的一声停下了，四周发出小范围的星星光芒！
悠木收服了小福蛋和阿柏怪，在月见山洞窟中，奇迹般地相遇了。
“皮皮！”
“鸦！”
皮皮和蓝鸦都在欢呼庆祝新队员的到来，小碎钻则是拿出了悠木的背包，为小福蛋和阿柏怪的树果入队礼做准备。
随身空间里，树林龟还在恢复，钥圈儿无聊的围着树林龟打转，心里默念着数在数秒，想看看树林龟什么时候才能醒过来。
巨大大钢蛇带着族群们在随身空间中的米亚查山中不断向下突破岩层，意图在地下的高压和高热下锻炼自身。
至于老化石翼龙？老人家还在恢复身体，休养生息呢。
待到小福蛋和阿柏怪出来的时候，悠木依然摆出了两圈树果供它们两个挑选。
最终小福蛋选择了橙橙果和文柚果，两个带有治愈效果的树果。阿柏怪选择了莓莓果和樱子果。
小福蛋明显喜欢带有治愈效果的树果，不分口味。阿柏怪相对来说口味比较奇怪，喜欢涩味和苦味。
在超额完成自己的目标——不仅收服了吉利蛋的退化型小福蛋还顺带了一只阿柏怪后，悠木带着宝可梦们踏上了前往华蓝市的旅程。
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花开两朵，各表一枝。
小福蛋跟随着悠木离开了月见山，但是它早已离开月见山妈妈却身处于巨大危难当中。
新岛
超梦诞生的场所，富士博士接受火箭队的老大坂木的补助资金在这座岛上研究克隆技术。
因为富士博士曾有一位早夭的女儿小爱，为了寻找让自己女儿复活的方法，他选择了与火箭队合作。
现在富士博士在这里已经研究了不少时间，他已经克隆了小爱，还克隆了关都的最初的伙伴——小火龙、杰尼龟和妙蛙种子，还有他现在已经克隆了超梦。
超梦已然诞生在这个世界上。
在新岛的火箭队研究基地里，小福蛋的妹妹吉利蛋就被送到了这里，作为辅助克隆研究的进行。
当时火箭队开始研究克隆技术的时候，富士博士就向坂木提出收集一批有着治愈能力的宝可梦，坂木答应了富士博士的请求。
吉利蛋就是那个时期在一次外出月见山的森林采集树果和草药的时候被一位火箭队小队长抓走了，要不是当时吉利蛋足够激灵，把自己演绎成从外界流浪的吉利蛋，同时也还好，当时抓走吉利蛋的火箭队小队长确实不太聪明，没有严查吉利蛋的来源而是火急火燎的跑去邀功了，这才让月见山的吉利蛋族群逃过一劫。
在经过长时间待着宝可梦球里地运输，吉利蛋来到新岛，负责治愈这些被克隆出来的宝可梦，为克隆技术的研究提供了充分的资料。
在这里的火箭队们牢牢把握住了被送到这里的宝可梦的心理。它们不愿意为莫名其妙把它们抓住的火箭队工作，但是那些宝可梦天生具有的善良不能够让它们眼睁睁的看着那些被克隆出来的宝可梦因为基因问题痛苦的样子，只能为它们提供治疗，却让火箭队的人给那些延长了生命克隆宝可梦做了更多的实验。
那些天使般的宝可梦努力地把那些克隆宝可梦拉离地狱，可是恶魔却借助它们的手把那些克隆宝可梦向地狱中推的更远了。
研究基地里最深处的一个实验室外面铁门把锁，坚固紧缩的大门外却没有任何一个人把守，让人不禁怀疑起这里到底放了什么，既牢固又‘松懈’。
这时候一个不起眼的小点点出现在实验室外面，真的是十分微小，但是仔细看过去还是会发现，那是一个大约比米粒小那么一点点，大概是粉红色的小点点。没错那就是小福蛋的妈妈吉利蛋首领。
吉利蛋首领快速在实验室门前移动着，在更仔细地观察下，可以看见吉利蛋身边有一层淡淡的紫色的光芒，吉利蛋用着精神强念包裹着自己在移动，这样子很快，吉利蛋就到达了实验室门口。
看着高大的实验室铁门，吉利蛋身上淡紫色的光芒从身上消失，超能力向大门而去，在强力的拉扯下，大门微微拉开一个小缝，吉利蛋趁机钻了进去。
进入实验室，周围到处都是一些精妙且五花八门的高科技仪器，不过吉利蛋并没有被那些东西吸引了注意力，而是有目的的直奔一个地方而去。
在快速的移动中，吉利蛋到达了目的地，那个地方有着更加巨大且神秘机敏的仪器，不过在最中间有着三前两后的类似于玻璃培养皿一样的东西。
前三个装着学小火龙、杰尼龟和妙蛙种子，后两个装着还未完全成型的超梦和富士博士失去的女儿——小爱。
“”lucky！（我来看你们了，小爱、小火小龟和小蛙！）”
吉利蛋在这五个玻璃培养皿前停下脚步，恢复使用了缩小技能变得微小的身体，活力满满的向着关东最初的伙伴们和小爱打着招呼。（在心中）
“呜嗷～”
“杰尼！”
“种子！”
“啊，吉利蛋你来了啊！”
三只宝可梦和小爱兴奋地向着吉利蛋打着招呼，她们最爱的宝可梦来看她们了。
“lucky！（那当然！上次我给你们讲到哪里来着？是尼多王那个变态的大家伙对吧！）”
接着吉利蛋就直接坐下来和四只小家伙聊起天来。
在阴沉的实验室里，没有一点生机，一只圆滚滚粉红色的大蛋带着温暖的笑容，给四只不知道能活多久的克隆生物讲述着她们从出生到现在都没有见过的外面世界。
讲述蓝色天空上悠悠然的白云。
讲述宽广土地上绿油油的小草。
讲述赋予了月见山光和热的太阳公公。
讲述了有时很温和有时很猛烈的风。
讲述了落日后会告诉大明天见的星星和月亮，它们会让漆黑的深夜不显寂寞，告诉大家你并非一个人。（这是超梦的逆袭中原台词，也是我在这部电影里印象最深刻，这些话让超梦认识了这个世界。）
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宝可梦冷知识——小爱
小爱（小爱2号）
小爱是富士博士早夭的女儿，富士博士制造出了小爱的复制体小爱2号。
小爱不幸早夭，她的爸爸富士博士将小爱的意识以电的形式呈现出来，制造出全息图，并将其命名为“小爱2号”。小爱的妈妈在得知丈夫的疯狂行为后，因为不想再被过去束缚，离开了富士博士。
后来，火箭队派出的探险队找到了梦幻睫毛的化石，富士博士因此企图通过制造最强的宝可梦，探索其强韧生命力的秘密，从而赋予小爱2号真正的生命。
沉睡在充满培养液的装置里的年幼的超梦于黑暗中思考着“这里是哪里？我又是谁？是谁带我来这里的？”的问题。外面的研究员们正在好奇跟其他分身一样的超梦为何还未苏醒，它听到了他们在谈论它，但是不知道对方究竟在说什么。
小爱2号通过心电感应跟超梦进行交流，她告诉超梦，那是人类的语言。接着，她出现在它面前，超梦询问她的身份，她告诉超梦，她是人类。超梦询问她，自己是不是也是人类，她却告诉超梦，它可能是人类，但也有可能是她的宝可梦。
小爱二号的话令超梦再次陷入疑惑，它不知道自己究竟是人类还是宝可梦。她安慰地告诉超梦，无论它是哪个都没关系，因为它跟她以及这里的宝可梦都是相同的存在，都是原型的分身，而她则是小爱的分身“小爱2号”。她向超梦以及小火龙二、杰尼龟二和妙蛙种子二呈现出她记忆中小爱故乡的景象，带领它们认识了太阳、风、月亮和星星，可就在这时，小火龙二的身体逐渐消失了。紧接着，杰尼龟二、妙蛙种子二以及她的身体也开始消失。
超梦询问她原因，小爱二号向它道别，超梦的眼睛里泛起泪花，它不知道这是什么，她告诉超梦，这是眼泪，并向它表达了感谢之意，让它继续活下去，之后便消失了。
超之后梦因为过度悲伤释放出强大的能量，富士博士下令为它注射镇定剂，超梦的脑电波才恢复正常，重新进入睡眠状态，并在沉睡中忘记了死去的小爱2号以及复制宝可梦的事。