估计不到的危险，也许就在你的脚下。
——乌孜别克族谚语
阿里的大多数后裔在大清镇压撒鲁尔人苏四十三起义的时候逃亡到了东乡山区，在离河州城10里的轿子沟定居了下来。只有穆和迈继承了家族的传统，继续在河州城里的开商铺做生意。
陕西起义军和甘肃金积堡起义军同清军展开血战的时候，河州的回回人也发动了反对大清官府的起义。
马占鳌俗称莫泥沟阿洪，原籍陕西大荔的王阁村。大清初年，祖先马希超到来到甘肃河州经商，迁居到莫泥沟的何家庄村居住。
马占鳌从小学习宗教知识，24岁的时候先后在莫泥沟礼拜寺和大河家礼拜寺担任阿洪，是华寺门宦比较有名的阿洪。
马占鳌担任阿洪做的第一件善事，就是要求父亲把准备留给他的财物全部分给穷苦的农民。
他对父亲说道：“阿达，留给孩子丰厚的钱财，不如教给孩子正确的信仰。我既然已经有了正确的信仰，还要那些钱财干什么用呢？”
给穷人散发钱财这件事为马占鳌赢得了良好的声誉。老百姓见他有勇有谋，又通晓阿拉伯文的经典，都自发地把他看作是西乡回回人的首领。但是，诺大的西乡已经容不下马占鳌安心念经的炕桌了。
1862年，东乡北庄门宦创始人马葆真的孙子马悟真为了反对官府偏袒老教，利用锅里没有一粒粮食的撒尔塔民众的情绪发动起义，攻下了许多的村镇。
阿里在轿子沟的后代们信仰老教格底木，没有参加这次起义，只是悄悄地观望着事态的发展。他们想道：如果官府将来镇压格底木，他们就躲避到更加偏僻的山沟里去。
第二年2月，马永琳和马永瑞率领河州的八坊回回起义，奋力反抗官府的残酷和压迫，包围了河州城。
狄道（今临洮）的官员为了防止本地的回回人跟着造反，将城内500余户4000多的回回人全部屠杀了，还把礼拜寺和回回人的房屋全部焚烧殆尽了。
事件发生以后，狄道乡下愤怒的回回人在穆夫提（宗教讲师）马云的领导下举行反抗官府的起义。
河州等地各路起义军前往支援，将狄道城紧紧地围困起来。
狄道城被围了150余日，食尽援绝。
马大汉率领起义军从南门登上城墙，攻入城内，占领了狄道城。
同时，马悟真、闵殿臣、马永琳、马永瑞、马福堂、马万有等率领起义军主力包围了河州城。他们先后两次发动攻城战，均遭到了失败，而且还损失了300多人。
攻城失败以后，他们认为如果要取得斗争的成功，必须要有一位能力超群的人作为领导，统一指挥各路起义军。
马悟真、马永琳等人经过商议认为，华寺门宦大阿洪马占鳌在回回民众中威望最高，具有卓越的领导和组织才能，是胜任这个职务的最佳人选。于是，他们亲自登门，请马占鳌出山，承担领导反对官府的领导重任。
马占鳌热情地接待了起义军的领袖。他敞开心扉，陈述了自己的观点：“反对大清朝廷不是一件容易的事情。各个门宦必须齐心协力，共同管理好自己的信徒，才能取得胜利。否则只会给老百姓招来更大的祸害。”
起义军的首领纷纷表示接受他的建议，一致推举马占鳌为河州起义军的主帅。
马占鳌有谋略，善言辞，在宗教界有崇高的地位，在群众中有很强的号召力。他的表弟马海晏有武艺，会军事，作战勇猛，拥有社会威望。马家的表兄弟可以说是一对绝佳的文武大将。
马占鳌首先召集起义军的大小头目，制定了全盘的战略方针。他说：“我们应该与西宁的马桂源联络，从大通出兵到扁都口，占领甘州、凉州和肃州。如果把这三个地方作为起义的根据地，那么河西走廊的五郡就都由我们来掌握了。牧马黄城滩，占据金城关，然后向东攻取秦州。至于狄道，即便是得到也不好防守，不如放弃。当年吐蕃在甘肃失败就是败在了狄道。首先，我现在要和你们共同约定，同时还要告诉汉人，一定要让老百姓照常耕种土地。老百姓太平了，你们坐享其成，何乐而不为呢？其次，一定要打通黄河与湟水之间的道路，为出征河西做准备。”
大家对他的观点都表示赞同。
第二年元月，马占鳌统帅各路起义军攻打河州城。他奋勇当先，带头爬上城墙，与敌人展开厮杀。
马占鳌的弟弟马占魁也爬上城头，在战斗中身负重伤，被清军用大火活活地烧死了。
马占鳌的起义军被清军打退了。
出师不利和弟弟的去世激起了他攻克河州城的决心。
马占鳌一面组织起义军继续围攻河州城，一面派遣人马四面出击，骚扰和打击清军；另一方面，先后派出两支队伍支援董志塬和金积堡的起义军。
11月1日，马占鳌指挥起义军终于攻克了围困长达11个月的河州城。
破城以后，马占鳌并没有采取以暴制暴的错误做法，而是三令五申不得大开杀戒，伤害无辜的各族百姓。
他首先下令不许杀害官府的文武官员，除了提前逃走的官员以外，派人把其余的文武官员护送出城。
马占鳌还下令，凡是愿意投诚皈依回教的汉人可以挂出白旗，戴上白色的号帽，一律不得杀害。
河州城里的大多数汉人为了保全性命，纷纷皈依了回教。
一些起义军将领心胸狭隘，素日就嫉恨汉人占据了土地富饶的北塬。他们在得意忘形之下擅自跑到北塬，杀害当地的老百姓。
马占鳌看到民族之间互相仇杀万分痛心，更是痛恨违反军纪的官兵，盛怒之下毅然辞去了大帅的职务，返回到自己的家中，闭门谢客，一心念经。
马永瑞等人只好三顾茅庐，出面向马占鳌承认了错误，保证今后不再重犯类似错误。
马占鳌这才返回了军营，重新担任起义军的大帅。
穆和迈平时对飞扬跋扈、贪得无厌的大清官员非常痛恨，因此自愿拿出了不少钱财资助起义军。
省城兰州的官员惊闻河州失陷，赶紧加强戒严，修固城垣，提防起义军前来攻打兰州。
护督恩麟看到清军无法用武力收复河州，便改变了进攻的策略，采取政治安抚的政策，多次派人到河州同起义军议和。
1865年2月，马占鳌代表河州起义军向代理陕甘总督的恩麟求抚，表示不敢自居叛逆。
陷于困境的恩麟顿时看到了希望，打算顺势采取暂时笼络、秋后算账的办法。
不少官员却持反对意见。
提督雷振绾认为：“甘肃其他地方的回回人可以宽宥，至于西南河州、莲花城、张家川等地的习为剽掠，凶狠好斗。秦州、盐州、固州的陷落都是他们搞的鬼，还把我们的玉帛子女掠夺走了。他们居住在万山之中，又恰好是中心地带，如同病在腹心。如果不坚决地痛加清洗，只是一味的招安，恰好中了他们的阴谋诡计，后果不堪设想啊。”
在当时的情况下，恩麟既无兵也无力收复河州，又不能派进官员进行治理，只得实行安抚政策。
从起义军攻占河州、文武官员被护送出城算起，一直到1872年2月起义军投降为止，马占鳌的起义军控制河州城长达8年多的时间，控制撒鲁尔人聚居的循化厅也达了10年之久。
马占鳌对河州起义军政权总负责，同时兼管西乡。马永瑞和马永琳统管河州城四周乡镇。马悟真管辖东乡。马万有管辖东乡以东的太子寺（今天广河县）地区。闵殿臣管辖南乡（今天和政县）。马云和马福堂管辖南乡以外的临洮、康乐一带。
1867年3月，马占鳌的河州起义军与马启示、马士彦的陕西起义军联合攻打省城兰州，攻破了城西的陈官营、瞿家营、柳家湾和钟家河等堡寨，冲上了城南的皋兰山，一把火烧毁了三台阁。
甘肃因为连年遭遇灾荒，天祝、景泰、靖远、皋兰、兰州、河州等地大旱，到了春天粮食青黄不接，一斗小米价格高达40两银子。
老百姓为了填饱肚子，只好挖野菜、啃树皮。很多人饿死在荒郊野外。
饥饿使人们忘记了伦理道德，开始变得疯狂起来。他们先是割下死人身上的肉吞食。吃完了死人，只好杀害活人吃肉。甚至有的人互相交换自己的孩子吃。
全省饿死的人多得无法统计。
兰州城的许多人家全家一起投河自杀。活下来的人不超过20%。
杨岳斌的嫡系楚军军饷很多，差役却比较轻松。甘肃本地标兵的军饷少，差役却很沉重，而且经常吃不饱肚子。因此，愤怒的甘肃标兵起来哗变。
事情发生以后，杨岳斌偏听楚军的激愤之言，将数千名甘肃标兵全部就地镇压了。
这时候，驻在平凉的左宗棠连续接到朝廷的谕旨：“河州还有回回起义军10余万人，并且驻扎了2万余陕西的回回起义军。传说马占鳌打算8、9月要与官兵打仗，你要做好先事预防工作。”
左宗棠召开军事会议，专门讨论进军河州的事宜。
左宗棠说道：“甘肃之乱始于河州，要想清除动乱必须占领河州。我听说马占鳌足才多智。你们各位有什么打败他的高招？这些逆贼没有严格的纪律，外出乱抢一通，分赃不均。住在一起又各立教门，互相猜忌。再说，河州东部山区数百里土地贫瘠，农田稀少，因此那里的人没有职业，专门到别处窃盗为生，胆子很大，怎么可能对马占鳌俯首帖耳呢？一个叫王权的举人也上书说：‘河州城里的汉人对回回起义军多是隐忍服从，日夜期盼清军的到来，必定争先充当内应。’洮州48旗吐蕃人与回回起义军结仇素深。我们可以调集吐蕃土司率兵袭击河州的西部，使逆贼处于我们与吐蕃人的夹击之中。”
大家连声称赞道：“太好了！真是万全之策！”
1871年6月，左宗棠决定清军分三路向河州进发，约定在洮河东岸的康家崖一带集中会师，然后渡过洮河西进，攻取河州的门户——太子寺。
左宗棠调集了80多营35000人的正规军队军。再加上甘肃的地方兵力，镇压河州起义的兵力达到了100多营近50000人。
这时候，沙皇俄国占领了回疆（即新疆）的伊犁地区。
中亚花剌子模故地浩罕汗国的阿古柏借口为大清王朝照看失去控制的地方，率领军队长驱直入，占领了迪化和吐鲁番。
回疆的形势日趋紧张。
大清朝廷一看情况不妙，急忙任命荣全为伊犁将军，命令成禄率领部队西出嘉峪关进入回疆，又命令左宗棠派兵进入肃州。
左宗棠立即命令徐占彪率领12个营的步兵和骑兵，经由凉州和甘州赶往肃州。
9月13日，左宗棠率领的湘军与马占鳌的起义军狭路相逢。
湘军人多势众，使用的是现代化的武器，军力十分强势，几次打败了马占鳌。
时值隆冬，马占鳌和马海晏决定兵行险着。他们亲自率领300人的敢死队，携带水壶和石块等，乘夜潜入了湘军腹心阵地的制高点新路坡，迅速筑起了一道工事，再浇上水冻成了异常坚固冰块。
湘军等到天亮以后发动了猛攻。
马海晏指挥敢死队员从容应战，导致湘军伤亡惨重，军心出现了动摇。
马占鳌乘势发起冲锋，与马海晏里应外合。
湘军溃不成军，仓皇撤退。
这就是著名的“黑虎掏心”战术，也是左宗棠进军西北以来遭遇的最大一次惨败。
马占鳌居安思危，没有被眼前的胜利冲昏头脑。他邀请穆和迈以生意人的身份前往西宁，联络流落到那里的白彦虎和马桂源，争取互相支援。
马占鳌的内心深处和马化龙一样，不是要杀害无辜的汉人老百姓，也不是要推翻大清政权建立独立的回教国家。他起义的目的就是想借助这场运动为自己的华寺门宦争取一个宽松的政治环境。所以，他在参加起义不久思想就开始摇摆，时而求抚，时而反清。这种心态在左宗棠镇压了马化龙以后更加表露无遗。
马占鳌在太子寺大败左宗棠，正是宜将剩勇追穷寇的大好时机。
他熟读经史，思前想后，头脑始终十分清醒。
他对将领们说道：“现在，陕西的白彦虎失败了。宁夏的马化龙也失败了。陕西的局势已经稳定。甘肃也大半平定。我们只剩下河州和西宁两个城池。战乱殃及各地，长此以往，不但加深了汉人的仇怨，回回人也无立锥之地。如今，如果按照大家的意见去攻打安定大营，即使一战而胜，附近的河山都归我们所有，谁又能用一团泥巴封住宽敞的函谷关，使关东的清军过不来呢？除掉一个左宗堂，后面还有无数个左宗堂等着呢。河州这个弹丸之地怎么能够与天下抗衡？今后，种地的还要种地，做买卖的还要做买卖。造反的事情由我一人来承担。朝廷杀了我一个，可以救下你们10个人。杀了你们10个人，可以救下他们100个人。假如等到我们失败了再去投降，朝廷的处理一定会很重。大家也都会受到连累。死的人会更多了。今天的形势倘若放弃投降，我看是再没有别的出路了。”
经过马占鳌这番苦口婆心的劝说，起义军的其他领袖才改弦更张，勉强同意向左宗棠投诚。
远在西宁的穆和迈听说马占鳌向朝廷投降了，惊骇得半天说不出一句话来。他不知道该如何向白彦虎和马桂源解释自己的使命，更不敢返回河州城，暂且留在了白彦虎的军营里。