在茫茫宇宙中。有一个世界叫‘宝可梦世界’。宝可梦世界是一个独立在现实世界的地方。
在神奥传说中，整个宇宙，包括宝可梦世界，以及世间万物和所有平行宇宙，都是由一位名为阿尔宙斯的宝可梦创造的。
阿尔宙斯从虚无之地的一颗蛋中诞生，是第一只出现在虚无中的宝可梦。接着阿尔宙斯创造出帝牙卢卡、帕路奇亚、骑拉帝纳，由此诞生了时间和空间的概念。
阿尔宙斯分别给了帝牙卢卡与帕路奇亚掌控时间与空间的能力，而骑拉帝纳则有掌控反物质的能力，它存在于反转宇宙中。
接着，在宝可梦世界诞生初期，阿尔宙斯又创造了湖之众神亚克诺姆、由克希、艾姆利多，分别代表共存在现代的人类和宝可梦之中的意识、知识与感情。它们生存在今天被称为立志湖，睿智湖，心齐湖的湖泊的异空间里，被称为湖中的传说宝可梦，即三圣菇。
完成创世的阿尔宙斯进入到自己居住的宇宙中，陷入沉睡，这期间，在宝可梦世界的大自然中孕育出了梦幻，它包含了未来存在的全部宝可梦的遗传基因，并不断演化分化产生了后世的所有宝可梦。因此，梦幻又被称作‘宝可梦的始祖’。
又过了好多年，深海海沟压力诞生出了盖欧卡，地底岩浆中诞生出了固拉多，臭氧层的矿物诞生出了裂空座。
最开始三只神兽相安无事，直到盖欧卡和固拉多开始了扩张海洋与陆地，两者为争夺世界之初的优势而进行了旷日持久的激烈战斗。最终在天上的裂空座看不下去了，下来平息了战斗，盖欧卡和固拉多则回到了海底洞窟与烟囱山陷入长眠。可以说，这三只神兽是相互制衡的关系。而世界也因为他们的争斗，在海面上形成了一块块大陆。例如阿罗拉的几块岛屿也在其中。
此时的阿罗拉还是一片黑暗，这时光辉大神出现了，给予了阿罗拉光明，光辉大神全身放出的光会对生物和自然发生作用，造成各种各样的影响，随后它就消失了。也许这片光明不仅仅是给予了阿罗拉，而是给予了整个宝可梦世界。
在究极日月中奈克洛兹玛一直都沉睡在地下。据说是因为贪婪的人们夺走它所有的光后，将它囚禁在了究极大都会中。
至此，世界有了光，生灵开始慢慢变多了。
几十亿年之后，史前时代到来，人类也开始慢慢诞生。从创世时代就开始存在的宝可梦变得越来越多，此时的宝可梦多半以史前形态存在着，比如化石盔，镰刀盔，化石翼龙。这些神奇宝贝在世界上生活了约两亿年。
大约在两亿年后，因为陨石撞击地球，大部分宝可梦灭绝，只有鸟类神奇宝贝始祖小鸟和原盖海龟存活了下来，并据此繁衍出了新的现代宝可梦体系。
随着时间的不断推移，宝可梦一代一代地进化着。地球也在这时迎来了冰河时代。冰河时代的到来，使神奇宝贝的数量再次大幅减少。
此时世界上已经有了人类。那时的人类非常崇拜传说中的神奇宝贝，尊称它们为神兽，甚至向它们祭祀和祷告，比如炎帝和凤王。值得一提的是雷吉奇卡斯。人类当时很崇拜雷吉奇卡斯，但是后来发现雷吉奇卡斯强大的力量是对世界的威胁，因此封印了他。虽然封印了雷吉奇卡斯，但是人类不知道的是，一个更加黑暗的时代即将到来。
几千年之后，一场残酷的战争在卡洛斯地区上演。那场战斗使无数的宝可梦丧生。当时卡洛斯地区的国王AZ的花叶蒂也丧生在战斗中，在愤怒和悲伤之下，AZ制造出了终极武器，并且向对方开火，以此强行结束了整场战争。终极武器太过强大，撕裂了时间和空间，创造出了两个平行世界。
在其中一个平行世界中，终极武器强大的力量倾泻在了几颗特别的石头里，这就是Mega进化石的由来，也是Mega进化的开端。而在另一个平行世界中，卡洛斯地区的战争从一开始就没有发生，终极武器根本就没有制作。
1000年之后，由于Mega进化石的影响，在丰缘地区，盖欧卡和固拉多从上古时代的沉睡中苏醒过来，并且为统治世界展开了战斗。后来在裂空座试图对盖欧卡和固拉多之间的战斗进行干预，这也导致了裂空座第一次的Mega进化。Mega进化之后的裂空座力量大增，终于平息了盖欧卡和固拉多之间的战斗。
而人类通过收集各种宝可梦，与它们达成契约，并创造出了名为‘宝可梦联盟’的机构。每个地区都会有一个宝可梦联盟。渐渐的，宝可梦变得离不开人们的生活。