唐僖宗最怕东都洛阳被攻打，立即派左神武大将军刘景仁率五千兵援助东都，统一管辖宣武、昭义、河阳的几千名军士，共同保护东都，同时又调曾元裕也带兵到东都布防。
如此一来，此区域的官兵都往洛阳一带集结，南边的门户大开，黄巢抓住这个契机，迅速指挥农民军再次南下。原来，这是黄巢的“金蝉脱壳”之计。
黄巢这一走，就像脱缰的野马，要走就走的远远的，寻找官军的薄弱之地生存。
此时，在南方，还有王仙芝的部将王重隐在转战，王重隐率部先攻陷洪州（南昌市），江西观察使高湘逃往湖口县。王重隐率农民军转而又进入湖南。
王重隐的别将曹师雄还攻掠了宣州（安徽宣城市）、润州（镇江市）。朝廷到处救火，又派曾元裕、杨复光率军队救援宣州、润州。这曾元裕本来是救援东都洛阳，可能还没走到呢，又掉头往东前往宣州。
过了大约一个月，曾元裕的官军已到达，曹师雄避其锋芒，又率农民军进攻湖州，但却被镇海节度使裴琚的军队击败，曹师雄也在与裴琚的战斗中被杀。不久，农民军将领王重隐在与江西的官军激战中也不幸战死，其部将徐唐莒接替他，占据洪州。
再说黄巢，他率领农民军南下，从许州（许昌市）到光州（潢川县），南下经过黄州，渡过长江，再经蕲州（蕲春县），进入江西境内。
这个路线农民军已经走过多次，甚至轻车熟路了。一路上，边打边走，没有吃的没有喝的就打下一个县城，补充给养。苦于苛政暴政的人很多，穷人队伍也在南下途中扩大。
农民军一路奔到江西，黄巢说：“我们暂时摆脱了官军的堵截，来到这陌生之地，我们要趁大批官军还没赶来，在这一带打击当地的势力，先立足再说。”
于是，几万军队分成几路，尚让、朱温、孟楷等各带一路，分头进攻。最终攻陷了信州（上饶市）、饶州（鄱阳县）、吉州（吉安县）、虔州（虔州冶所在古代的虔化县，后改为赣州，而虔化县改为宁都县）。
但对农民军来说，南方的江西也不是久留之地，气候、环境、饮食等都不适应，在江西停留大约两个月的时间，黄巢又准备转兵了。
到了878年六月，黄巢率军从信州（上饶市）攻打东北方向的安徽宣州（宣城市），宣歙观察使王凝积极应战，派遣都将王涓在南陵县迎战。
但这个王涓却很自负，不把农民军放在眼里，带一支军拍马提枪就来了，葛从周也提枪接战，双方战不到20回合。葛从周可是五代时期的名将啊，一个回马枪把王涓挑于马下。
王涓死了，农民军围攻宣州城，王凝率军民死守。宣州是一个古城，城墙很牢固，黄巢的军队攻了很久也没攻下来。
黄巢不想硬拼，又率军准备进攻润州（镇江市），但这时候，朝廷又调高骈为镇海节度使（冶所在镇江）抵挡起义军。黄巢要保存实力，不想与这个刽子手打仗，就率军再往南攻打杭州。
当时的杭州已是“骈樯二十里，开肆三万室”的兴旺景象，这反映的是繁荣的市井商业。这里属于浙江西道管辖，军事实力并不很强，赫赫有名的钱氏家族也还没掌管杭州、乃至浙江的大权。
这年八月，农民军攻入杭州城，烧毁官府文书档案，没收财货充做军用，并且开仓放粮，老百姓很高兴。西湖美景美不胜收，吸引了这批农民军围观，黑压压的人群肯定挤满了断桥，只可惜还没到下雪时节，断桥残雪的美景他们没欣赏到。
黄巢不是超脱的仙人，他也是俗人一枚，听说杭州的灵隐寺有名气，也准备来烧香许愿。
灵隐寺当然是有来头的，始建于东晋时期，大约是公元326年。此地背靠北高峰，面朝飞来峰，位置很灵光。504年，南北朝时期的梁武帝将佛教奉为国教，大兴土木建寺立塔，灵隐寺经扩建后，香火日渐旺盛。
后来到北周武帝时期，一度宣布废佛，灵隐寺陷入冷落荒寂。隋朝的隋文帝虽然恢复佛教，但大唐的唐武宗又禁佛，灵隐寺难逃噩运，寺庙被毁，僧人遣散，寺庙内烟火又日渐西沉。
当黄巢来的时候，这里的香火不旺，但当地老百姓还是很信的。不知道黄巢在这里抽到了什么签，反正他很快就率军走了，估计高僧指点他的官运在北方吧。
黄巢率农民军又前往越州（绍兴市），并攻破越州，还俘虏了浙东观察使崔璆（qiú）。这个崔璆很有意思，他做了俘虏，但却一直规劝黄巢，希望他弃暗投明为朝廷效力，但黄巢不为所动。
高骈此时的职务是镇海节度使、浙江西道观察处置使，不再担任荆南节度使。高骈派镇海军的将官张璘、梁绩到达浙东，与农民军会战，张璘也是能征善战的主，官军屡战屡胜。在越州城外，双方展开激战，张璘派小股部队吸引农民军追赶，然后趁势截击，农民军伤亡很多，最后不得已撤出越州城。张璘的官军入驻越州。
遇到了张璘这个对手，黄巢也很头疼，农民军在浙江其实也难以大发展，再往东就是东海，没有任何缓冲回旋之地。如果遭遇官军合围，那么农民军只有跳海的份。
黄巢审时度势，准备再往南打入福建境内。从浙江到福建，用船是最好的方式，但农民军哪里会有船。
黄巢不愧是黄巢，他坚信路就在脚下，立即发动农民军走山路，但崇山峻岭连绵无路可走。黄巢身先士卒，在衢州的仙霞岭丛林中开辟山路(江山县南部的仙霞岭)，硬生生的在丛林中打通了从衢州到建州（南平市建瓯县）之间的几百里山路。
建州城里的官军以为有崇山峻岭阻挡，因而防备松懈，当农民军到了建州城下，官军吓得不知所措，以为神兵天降，城池很快被攻破。而农民军犹如猛虎下山，横扫闽中各州县无对手。