凤翔节度使李茂贞的军队占领兴元（汉中市）后，他又请求担任山南西道节度使，镇守兴元府。唐昭宗同意了，任命李茂贞为山南西道兼武定节度使，并且割出果州、阆州隶属武定节度使管辖。
但朝廷又委任中书侍郎、同平章事徐彦若担任凤翔节度使。李茂贞想同时占有凤翔、兴元两个地方，因而拒不奉行诏令。
李茂贞比较强横，给唐昭宗写的表章态度很不好，唐昭宗生气，想要派兵讨伐李茂贞。
李茂贞知道后，又写了一个表章说：“陛下身为大唐皇帝，却不能保护舅舅王瑰的性命，也杀不了杨复恭这个叛贼。朝廷对待各藩镇，只看各节度使的实力强弱，从来不管节度使做的事情是否有道理。势力弱的节度使如果犯错误，朝廷就会惩罚，而势力强的如果犯错误，朝廷反而通过恩赏进行拉拢。长此以往，京城四周的百姓会遭受祸害，皇上就是逃难恐怕也找不到合适的地方！”
唐昭宗对这样的说辞更加愤怒，决心讨伐李茂贞，命令宰相杜让能负责征讨事宜。
杜让能却说：“陛下刚即位不久，国家还不太平，凤翔的李茂贞离京师长安这样近，不应当与他结仇，万一不能取胜，朝廷后悔也来不及了。”
唐昭宗回复说：“朕不想做软弱的君主，现在皇室的地位越来越低，号令难出长安，我咽不下这口气。你为朕调动军队粮食，朕亲自派亲王统领军队，即使战败也不会追究你的过错。”
杜让能还想抗拒，但唐昭宗说：“你身为宰相，不要推诿扯皮，要与朕同甘共苦。”杜让能流泪说：“只是现在的形势不好，不是我不奉行诏令，只是担心又朝一日臣会像晃错一样遭受杀戮，我只能以死相报朝廷了！”
杜让能在中书省为了战争做准备，一个多月没有回家。
但另一位宰相崔昭纬阴险狡诈，内结宦官，外通藩镇，暗地里与邠宁军、岐山军通信息，杜让能早晨说的一句话，这两个州晚上就会知道。
凤翔镇岐山军的李茂贞得知后，指使他的党羽纠集很多人，向观军容使西门君遂告状说：“李茂贞没有罪，不应当对他进行征讨，以免百姓遭受战祸。”
西门君遂说：“这是宰相的事，不是我管的。”于是，那些人又拦住宰相崔昭纬、郑延昌乘坐的轿子告状。
这两位宰相也说：“皇帝专门委任太尉杜让能负责此事，我们事先也不知道。”百姓一气之下，乱投砖瓦石块，崔昭纬、郑延昌慌忙下了轿子躲藏起来，据说官印和上朝服装都丢失了。
唐昭宗要求捉拿发起这次闹事的人，并且杀死，再次要求出兵讨伐。长安的百姓因害怕，有的逃到山谷中藏匿起来。
893年八月，唐昭宗任命覃王李嗣周为京西招讨使，神策大将军李鐬（huì）担任副使。
九月十日，覃王李嗣周率领三万名禁军，护送新任的风翔节度使徐彦若前往凤翔赴任镇所，军队驻扎在兴平县。
凤翔军李茂贞、邠宁军王行瑜联合起来，与官军抗拒，共出兵六万人，驻扎在周至县。
但朝廷禁军都是刚召募来的青少年，都不会打仗，而李茂贞、王行瑜所带领的都是戍边军士，都经历过大大小小上百次的战斗，战斗力较强。
九月十七日，李茂贞等军队逼近兴平，朝廷禁军竟然不战而逃。李茂贞等乘胜进攻东进，直逼长安西边的三桥，长安震惊。
士绅和百姓都四处逃走，很多百姓聚集到皇宫门前，请求诛杀提议发兵征伐的人。
崔昭纬故意陷害宰相杜让能，给李茂贞送信说：“朝延用兵并不是皇帝的意思，都是太尉杜让能出的主意。”
十九日这天，李茂贞把军队陈列在长安城西的临皋驿，向唐昭宗进呈表章，历数杜让能的罪行，请求杀死他。
杜让能此时无奈的对唐昭宗说：“我本来就有预料，现在就请通过惩处我解除战争。”
唐昭宗此时不说大话了，哭着说：“朕对不住你了，只能与你分别！”当天，就把杜让能贬为梧州刺史。
唐昭宗又把观军容使西门君遂流放到儋州，内枢密使李周潼流放到崖州，段诩流放到欢州。
第二天，唐昭宗亲临安福门，下令把西门君遂、李周潼、段诩处斩，把杜让能再次贬为雷州司户。。
朝廷又派使臣对李茂贞说：“蛊惑朕出兵的，是西门君遂、李周潼和段诩三人，不是杜让能的罪过，朕已将他流放贬官了。”
随后，朝廷任命宦官骆全瓘和刘景宣分别担任左、右神策军中尉。